1996年初，市工商局党组“一班人”认真学习了党中央有关文件和党章有关规定，向市委组织部提出由市个、私协会牵头，。组建南京市私营企业联合党委的建议报告。市委非常重视，很快由市委组织部下发了(96)80号文，即《关于组建南京市私营企业联合党委的通知》，明确其党组织关系隶属市委财贸工委，在市委财贸工委的领导和市工商局党组的指导下，履行基层党委的工作职责，中共南京市私营企业联合委员会应运而生。

    经过一段时间的运行，到2000年，市委组织部又下了《关于加强私营企业党的建设工作的意见(试行)的通知》，进一步明确私营企业党组织的隶属关系：在市工商行政管理部门注册的私营企业，其党组织由市私营企业联合党委负责组建和领导；在区县工商行政管理部门注册的私营企业，其党组织可由区县工商部门或者私营企业协会党组织负责组建和领导，也可由所在地的乡镇、街道党（工）委或村党组织负责组建和领导；对于少数隶属关系一时无法确定的私营企业党组织，可暂将其隶属于工商行政管理部门党组织。自此，私营企业党建工作逐步走上规范化。

私营企业联合党委执行党章规定的党的基层组织的基本任务，在企业与政府之间发挥桥梁纽带作用。其具体职责是：

1. 宣传贯彻党和国家的路线方针政策，引导和监督企业遵守国家的法律、法规、依法经营、照章纳税。
2. 推进企业与企业的联系，企业与政府的沟通，支持和促进企业健康发展。
3. 组建基层党组织。加强党员的教育管理，做好发展党员工作，发挥党员先锋模范作用。
4. 指导企业党组织做好员工的思想政治工作，关系和维护员工的合法权益、推进社会主义精神文明建设，促进社会的和谐稳定。
5. 领导工会、共青团等群众组织，支持他们依靠法律和各自章程独立自主地开展工作。
6. 完成上级党组织交办的任务。

    党的十六大提出加强非公有制企业党的建设，进一步巩固和发展公有制经济，鼓励、支持和引导非公有制经济发展，私营经济的发展如日中天。截至2005年年底，全市累计有个体工商户13.9万户，私营企业达6.7户，注册资本达789亿元，成为我市新的经济增长点。在私营经济大发展的同时，党组织和党员的数量也在不断增长。

    私营企业联合党委组建9年来，在上级党组织的正确领导下，在私营企业中开展了一系列有效的党建活动，作了大量工作。发展新党员67名，为219名大学毕业生预备党员办理了转正审批手续。举办了9期入党积极分子培训班，培训学员252人。私营企业联合党委先后被市委、市财贸工委授予先进基层党组织光荣称号。与此同时，一批党支部、党务工作者、党员被评为先进党支部、先进党员、优秀党务工作者。经私营企业联合党委推荐，一批个体私营企业员工被评为省、市劳动模范；省、市三.八红旗手。